Desenvolvimento de uma metodologia baseada em matriz de distâncias para a verificação de similaridades de proteínas

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dc.contributor.advisorRodrigues, Thiago de Souza
dc.contributor.advisor-coDias, Sandro Renato
dc.contributor.advisor-coLatteshttp://lattes.cnpq.br/5300421458375793
dc.contributor.advisorLatteshttp://lattes.cnpq.br/4182923743939851
dc.contributor.authorMonteiro, Otaviano Martins
dc.contributor.authorLatteshttp://lattes.cnpq.br/5378637011361467
dc.contributor.refereeRodrigues, Thiago de Souza
dc.contributor.refereeDias, Sandro Renato
dc.contributor.refereeSemenchenko, Anton
dc.contributor.refereeLacerda, Anísio Mendes
dc.date.accessioned2025-05-20T19:41:09Z
dc.date.available2025-05-20T19:41:09Z
dc.date.issued2017-08-25
dc.description.abstractAs proteínas são macromoléculas presentes em todos os seres vivos e desempenham funções importantes, tais como manutenção de órgãos e tecidos, diferenciação celular, transporte, entre outras diversas finalidades. Várias proteínas, possuem a sua estrutura tridimensional resolvida e armazenada em bancos de dados biológicos, como o Protein Data Bank (PDB). Existem diversos softwares que trabalham com informações extraídas do PDB. Algumas dessas ferramentas, tem como função a verificação de similaridades entre estruturas proteicas. Um exemplo é o LSQKAB, que pertence ao pacote CCP4, e tem o seu funcionamento baseado no algoritmo de Kabsch, uma técnica frequentemente utilizada na área de bioinformática que possibilita a comparação entre duas estruturas de proteínas. Este trabalho tem como objetivo desenvolver uma metodologia baseada em uma matriz de distâncias, que verifique a similaridade de trechos de proteínas. A sua precisão deve ser a mesma do LSQKAB e ainda deve ser possibilitado o agrupamento de resíduos de acordo com as similaridades de seus valores de distâncias atômicas. Os experimentos foram realizados com arquivos de interações de resíduos de uma mesma proteína e os resultados foram comparados com o Cutoff Scanning Matrix (CSM) e com a técnica do arquivo de referência, utilizada na busca de pares interagentes pela ferramenta RID. Foi possível formar diversos grupos com arquivos similares através de cada técnica avaliada. A metodologia apresentada obteve resultados interessantes diante das outras técnicas comparadas, obtendo uma maior precisão.
dc.description.abstractotherProteins are macromolecules present in all living beings and perform important functions, such as maintenance of organs and tissues, cell differentiation, transportation, and other several tasks. Many proteins have their three-dimensional structure resolved and stored in biological databases, such as Protein Data Bank (PDB). There are various softwares working with informations extracted from PDB. Some of these tools, has the function of checking similarities between protein structures. An example is LSQKAB, which belongs to CCP4 package and has its operation based on Kabsch algorithm, a technique frequently used in bioinformatics that allows the comparison between two structures of proteins. This master thesis aims to develop a metodology based on a distances matrix that verifies the similarity of protein residues. Its precision must be the same as that of LSQKAB and it should still be possible to group residues according to the similarities of their values of atomic distances. The experiments were performed with files of residue interactions of the same protein and the results were compared with the Cutoff Scanning Matrix (CSM) and with the reference file technique, used in the search of interacting pairs by the RID tool. It was possible to form several groups with similar files through each technique evaluated. The presented methodology obtained interesting results in comparison to other techniques, obtaining a greater precision.
dc.description.sponsorshipCEFET-MG e CAPES.
dc.identifier.urihttps://repositorio.cefetmg.br//handle/123456789/1542
dc.language.isopt
dc.publisherCentro Federal de Educação Tecnológica de Minas Gerais
dc.publisher.countryBrasil
dc.publisher.initialsCEFET-MG
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Modelagem Matemática e Computacional
dc.subjectProteínas
dc.subjectModelagem
dc.subjectAlgoritmos
dc.subjectCristalografia
dc.titleDesenvolvimento de uma metodologia baseada em matriz de distâncias para a verificação de similaridades de proteínas
dc.typeDissertação

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